Если у вас нигде нет using Gtk, или другой либы, в которой есть using Gtk, то программа с ним линковаться не будет. Прибито оно только к GLib:

$ cat hello.vala
public static int main () {
        print ("Hello, World!\n");
        return 0;
}
$ valac hello.vala && ./hello
Hello, World!
$ ldd hello
        linux-vdso.so.1 (0x00007ffeb1bc4000)
        libgobject-2.0.so.0 => /usr/lib/libgobject-2.0.so.0 (0x00007f094a662000)
        libglib-2.0.so.0 => /usr/lib/libglib-2.0.so.0 (0x00007f094a52d000)
        libc.so.6 => /usr/lib/libc.so.6 (0x00007f094a360000)
        libffi.so.7 => /usr/lib/libffi.so.7 (0x00007f094a354000)
        libpcre.so.1 => /usr/lib/libpcre.so.1 (0x00007f094a2e2000)
        libpthread.so.0 => /usr/lib/libpthread.so.0 (0x00007f094a2c1000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 => /usr/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f094a6f4000)