На glassfish помню баги, которые висели годами. Когда пробовал. Wildfly поживее, но эта хренотень выдает стектрейс, что что то где то упало и где неизвестно, так как "нет кода"...и так много где. Так что отладка на нем это песня просто. При этом всем писать конечно можно и аннотации просто устроены на JavaEE7 на котором я писал раньше. Но потом попробовал спринг (я начал с JavaEE7 и спринг до этого только трехметровой палкой тыкал) по нормальному и больше JavaEE7 не хочу. Ну нафиг. Отладка, сказка, инструментария вагон, для того что бы сделать запрос как клиенту не надо огород городить (например), а с wildfly создавая запрос с линя на винду к обычному сокету я такой огородище вынужден был развести, что дошел до спецификации TCP пакета что бы понять почему оно не работает. В общем. Спринг при сравнении этих двух штук, конфетка. В области же транзакций и прочего они по моему почти одинаковые.