Если размер флешки позволяет, тогда туда заливается дистрибутив Linux/BSD, и туда же записываются данные. А уж какие разделы винды он примонтирует впоследствии это уже его дело. И вообще в "фото" камеры Canon можно свою прошивку залить, так что и с драйверами файловых систем проблем не должно возникнуть. С другими наверное придется повозиться, чтобы получить доступ супер пользователя root для смены прошивки. Ситуация та же, что и с роутерами с их непонятными драйверами для exFAT, которые не всегда работают как хотелось бы. И на роутерах это решается сменой прошивки на Openwrt например. После китайского/японского/корейского непонятно чего это спасение. И не покупайте в будущем условные фотоаппараты с ограничением на съемку видео в 30 минут без возможности смены прошивки, и будет все как у людей.