Из практики: самая простая, быстрая и надежная дефрагментация с возможностью апгрейда целевой FS - копирование файлов на новые диски (все-равно старые надо периодически выводить из эксплуатации), в крайнем случае - промежуточный носитель (вставленный диск, лента, NFS, можно придержать на время в качестве BU), для надежности и в приступе параноики можно затарить (tar) и сжать (zlib). При копировании файлы укладываются плоско, можно сообразить и скомпоновать порядок копирования. А так, в Linux на самом деле дефрагментировать много смысла не имеет, особенно с современными дисковыми скоростями, кешами, RAID, FS и тп. Эта фигня была придумана в Вындовсе из-за крайне несовершенной (о слова "Тупой") файловой системы FAT на медленных дисках, в ту пору ext2 была в эксплуатации круче на полпорядка.