> Нет, гений имел в виду минорные версии

А, "Троллейбус из буханки". Можно и так.

> -r ⟨root directory⟩, --rootdir ⟨root directory⟩
>             pkg will install all packages within the specified ⟨root directory⟩.

# pkg --rootdir ./exfat12 install exfat-utils-1.2.8
New packages to be INSTALLED:
    exfat-utils: 1.2.8 [local-repo]
    libublio: 20070103_2 [FreeBSD]
Number of packages to be installed: 2
14 KiB to be downloaded.
Proceed with this action? [y/N]: y
[1/2] Installing libublio-20070103_2...
...
[2/2] Extracting exfat-utils-1.2.8: 100%
# pkg --rootdir ./exfat13 install exfat-utils-1.3.0  
New packages to be INSTALLED:
        exfat-utils: 1.3.0 [local-repo]
        libublio: 20070103_2 [FreeBSD]
...
[2/2] Installing exfat-utils-1.3.0...
[2/2] Extracting exfat-utils-1.3.0: 100%

$ ./exfat12/usr/local/sbin/exfatfsck                                            
exfatfsck 1.2.8
Usage: ./exfat12/usr/local/sbin/exfatfsck [-V] <device
$ ./exfat13/usr/local/sbin/exfatfsck                                               
exfatfsck 1.3.0
Usage: ./exfat13/usr/local/sbin/exfatfsck [-a | -n | -p | -y] <device>
       ./exfat13/usr/local/sbin/exfatfsck -V

Как-то так. База пакетника тоже "уйдет" в --rootdir.
Для "несферического" софта зависимостей конечно будет больше, но если разница действительно минорная, то можно их и отключить.
В самом худшем случае получим тот же контейнер, вид сбоку - правда, с возможностью самостоятельного обновления зависимостей пользователем штатным образом, уже "на свой страх и риск".