Вроде как, реестр создали, чтобы организации и компании могли купить гарантированно российский продукт. А некоммерческий продукт покупать не надо, т.к. его можно просто поставить, если это позволяет лицензия. С этой точки зрения для правообладателя некоммерческий продукт нет смысла регистрировать в реестре.

А для гос.компаний и организаций смысл регистрации некоммерческого продукта ровно один -- чтобы можно было отчитаться перед вышестоящей организацией, что они используют продукт из реестра российского ПО.

Например, у меня в колледже установлено:
-- N1 виндовозов,
-- N2 операционных систем из российского ПО (как правило, коммерческих с платной тех.поддержкой),
-- N3 некоммерческих ОС, лицензия которых позволяет использование продукта на любом кол-ве ПК (например, Дебиан, Федора и др.).

Я отчитаюсь перед министерством, что колледж использует российское ПО на N2/(N1+N2+N3)*100% компьютерах.

А если некоммерческие ОС тоже будут в реестре, то моя отчётность будет выглядеть лучше. С точки зрения чиновников % использования российского ПО в нашем колледже будет выше. Особенно, если у чиновников есть норматив в какой-нибудь государственной программе или постановлении правительства, что госсектор должен к такому-то году использовать такой-то процент российского ПО.

Проблема здесь в том, что чиновники отождествляют понятия "российское ПО" и "ПО, входящее в реестр российских программ", хотя это не так. Но лично мне наплевать на проблемы чиновников. Для меня как для админа организации главное, чтобы всё ПО было закрыто лицензиями (не важно какими) и не использовалось пиратское, за которое та-та.