> Это скорее проблема ос, которую приходится костылить в каждой отдельной реализации вместо адекватного исправления со стороны ос

Эмм... И как это возможно сделать?

Тут ведь сочетание двух граблей. Во-первых, это то, что симлинки нарушают древовидность структуры фс, а значит что простые способы рассуждения об фс уже не работают (точнее не всегда работают, а значит полагаться на них нельзя). Во-вторых, это принципиальная уязвимость API ядра к race-condition. Первый костыль неустраним в unix. Второй же... не, можно было бы запилить что-нибудь в стиле баз данных -- begin_transaction/end_transaction, -- но это потребует ухода от POSIX и добавления новых методов лочить объекты файловой системы: flock не сработает, потому что его локи опциональны. Точнее, как написано в man'е, они "advisory" локи.